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在中国共产党领导的抗日边区，医药缺乏的情况也非常显著。一直善于应用中医药防病治病的红军部队，来到延安等边区后，进一步发扬了这一传统。
在实践中，边区军民也一直在广泛应用中医。1939年，中央医院院长傅连暲在兰家坪设立中央门诊部，是延安第一个有中医门诊的医疗机构。延安石圪塔中央疗养院也聘请了瞿宪文、唐继宗等中医。由于边区药品短缺，当时注重就地取材，用中草药、民间验方治病防病，比如用大蒜治痢疾，用花椒水或茄子秧洗脚治冻伤，用烟叶水治下肢溃疡，用硫磺膏治疥疮等，都收到了显著的效果。1940年冬，受寒流影响，军民患伤风感冒的人很多，傅连暲亲自做报告，介绍了防治感冒的土方法，如用淡盐水漱喉咙，自我按摩风池、迎香等穴位，喝姜汤等。
1939年越南华侨梁金生被陕甘宁边区任命为光华制药厂厂长，除组织生产各种中药制剂外，还成立中西医研究室，研究中药，出版《国药通讯》半月刊，同时还设有疗养所。《解放日报》报道：“疗养所是为了重伤病员而设……大都购服汤药，按中医疗病方法进行医治。现已住院150余人，其所治好者有胃病、肺病、淋病、痢疾、伤寒、睾丸炎、关节炎等症”（梁汉平《找回我的父亲梁金生烈士》）。
前线部队用中药也有很好成果，如山西工卫旅请老中医任益山治疗伤病员，发现“当时不多的几种西药，没有能够控制化脓菌的发展，伤口感染化脓是普遍的。然而用黄连、黄芩等几种草药汤头却有好的疗效”，而且“工卫旅的医护人员，普遍用山大黄治疗痢疾，很有效，这在当时是独一无二的特效药”（薛登岐、李万泉《工卫旅的医疗卫生工作》）。
在广泛应用中医药的基础上，1940年6月，陕甘宁边区政府民政厅组织召开“国医代表大会”，讨论改进中医中药以促进边区卫生工作，会后成立“边区国医研究会”，起初有会员40余人，第二年发展到208人，有11处分会。1944年，毛泽东在延安大学开学典礼上讲话，他说：“不管是中医还是西医, 作用都是要治好病。……我们提出这样的口号：这两种医生要合作。”从此中西医合作明确成为边区卫生政策。1945年3月13日，边区中医药研究总会成立，各县相继成立支会，中西医之间积极开展了各种交流。
军地药厂制成药
在药品短缺的情况下，八路军各个根据地的药厂都注意发掘和应用中草药来制药。在陕甘宁边区，1938年秋用宋庆龄捐助的经费在杞邑县筹建起西北制药厂，用传统的药方配制了解热、强壮、镇咳、泻下、利尿等类中药10多种，还大批生产了“仁丹”。1944年，药厂迁至延安，扩大了生产规模，中西药的生产品种增加到100多种。制药厂还研制出一种强神滋补剂“壮尔神”，主要成分是黄芩、当归、人参、白术、柏子仁、远志等，有安神，健胃、补血之功。又自制“黄芩碱”，一次服用1克即可达到解热的目的，只相当原用药量的1/10。还有用蒸馏法生产杏仁水，用作止咳剂。1940年该厂编写《抗战新药集》，记载了100多种药品的作用、用法、制法等，军委卫生部副部长饶正锡作序说该厂“批判地对我国有悠久历史的国产药材选择利用，用科学方法提高中药的地位”，革命家、教育家徐特立为该书题词“用科学方法改进中药”。
1939年，八路军前总卫生部在太行山区建立前卫制药厂，他们以《本草纲目》和一本植物学作为辞典，又访问当地药房学习丸散膏丹的工艺，组织采药队向药农学习。根据八路军指战员缺乏营养的情况，药厂首先采用上党地区的党参、首乌、苍术、枸杞、枣仁、甘草等制成党参膏、补力多、党参丸等成药和10余种酊水剂，受到部队医院的欢迎。后来又仿制著名成药八卦丹，花了两个多月时间，多次变更配方与工艺，制成一种“行军丹”，据各野战医院反映，不仅口感与八卦丹一样，而且见效快。
1939年，八路军一二九师在山西黎城建立师卫生部的制药厂，后称利华制药厂。药厂员工上山采集药材，按传统方法加工炮制，制造膏剂、浸膏、丸剂、酊剂产品，由卫生部药材处向使用单位发放，尤其紫草膏受到伤病员的好评。1941年，药厂迁到龙洞沟。药剂科长、研究室主任韩刚深入研究当地药材，编写了《太行山药物学》一书，详细记录了太行山区中药材的品种、用途和性能。在灾荒时，又编写了《救荒代用食品》一书。
中药西制有创新
用现代生产工艺生产新式中成药，当时称为中药西制。各个药厂都摸索了不少经验，对中药制剂学有重要的发展。《抗战日报》报道：“在发汗解热剂方面，中医配一剂，起码要七八味药，还要经过多时的煎熬才能服．药的重量达三四两。这样治起病来实在不方便，效力还要看医生的技术才能确定。现在药厂制出的黄芩碱、汗必灵每次服上八片就可发汗退热，也不用熬，轻一点的感冒如不想发汗时，单吃五片黄芩碱就好了。制法也很简单，黄芩碱是把干黄芩洗净，放在锅里煮沸四小时后捞出滤过，再加一些明矾，沉淀后再过滤，干燥了即得成品，每十斤干黄芩可制一磅。汗必灵是把麻黄先粗制成麻黄素，再熬一些膏子和其他附剂药配好即得。总起来说，土药西制就是把很多的药材经研究后，将其中最好的成份提出来，再和几种配剂药品综合好，压成片或泡制成丸散类，这样使用既便利，又省钱，同时效力比临时配好熬下的药水还强。”（《采集药材与中药西制问题》）
另一个著名的创新，是注射液剂型的成功研制。1941年，八路军战士发烧和患疟疾的特别多，特效药奎宁严重短缺。根据师卫生部长钱信忠的建议，利华制药厂研究室主任韩刚提出用柴胡做原料加工针剂的主张。试制时，由于柴胡的主要成份是挥发油，而当时没有蒸馏的专用设备，试制人员自制了蒸汽装置，把蒸汽通到放柴胡的罐中，再连上个焊制的冷却器装置，收集蒸馏液。重蒸一遍，得出了透明的柴胡液，消毒、装瓶再消毒，得出了成品柴胡注射液。为了检验效果，韩刚亲自注射试验，证明没有毒性反应。随后又在厂区职工和医院里反复做退烧试验，效果很好，无副作用，“并有代替奎宁治一般疟疾与顽固疟疾的功效”。此后又研制成功苍术注射液，“其发汗、解热之功效，堪与阿斯匹林媲美”（《医学界的新贡献——利华制药厂发明注射液》，《新华日报》华北版1943年3月17日）。
后来有些文章称柴胡注射液是首个中药注射剂，其实不是，早在1930年代福建中医李健颐就曾成功制造了治疗鼠疫的二一解毒注射液，只是没有推广应用。柴胡注射剂可以说是第一个得到广泛应用的中药注射制剂。
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