引起再发性腹痛的原因很多，可以是功能性的，也以是器质性的，其中功能性的再发性腹痛最常见。
以下原因可引起再发性腹痛：
(1)肠痉挛
是最常见的一种类型，由肠壁平滑肌阵发性强烈收缩引起，婴幼儿至年龄较大的儿童均可发生。每次发作都突然开始，轻的不影响正常活动，重的能使孩子哭闹翻滚。每次持续时间长短不一，短则几分钟，长的能持续数十分钟。如症状较轻，家长可以给患儿揉揉肚子，或让患儿在床上俯卧一会儿，疼痛就可减轻或消失，也有的会随着排出大便或气体而缓解。若疼痛较重，需服用止痛药、镇静药，进行腹部热敷或用温盐水灌肠才能缓解。腹痛发作期间体格检查多无阳性体征。腹痛部位与发生痉挛的部位有关：小肠痉挛，腹痛处在脐周；胃和幽门痉挛，腹痛在剑突下，常伴随呕吐；远端大肠痉挛，疼痛在左下腹；近端大肠及回肠痉挛，疼痛在右下腹。
(2)便秘
一般3天不解大便就会腹痛；有的每天解大便，但粪便量很少，仍有大量粪便或气体积聚在结肠里，肠壁扩张引起腹部绞痛。患儿弯腰屈背，左下腹可摸到粪块，用开塞露或甘油灌肠，排出粪便或气体后腹痛顿时消失。
(3)结肠过敏
结肠发生紧张性痉挛，使排便、排气受阻，从而引起腹痛，腹痛多在右下腹或左下腹。痉挛是肠道运动功能及分泌功能异常引起的。除腹痛外，便秘与腹泻交替，大便有时稀有时干，干大便和羊粪球相似。婴儿吃奶时吞入大量空气，空气通过结肠痉挛造成狭窄肠段受阻，可引起严重腹痛。
(4)肠道寄生虫病
蛔虫、绦虫寄生在肠子里面都能引起腹痛，蛔虫引起腹痛的机率较大。蛔虫本身活动及其分泌的毒素以及代谢废物，都可刺激肠壁引起腹痛，疼痛多在脐周，不定时地反复发作，可有吐出蛔虫、排出蛔虫的病史。大便显微镜检查有虫卵，用驱虫药治疗有效。
(5)腹型偏头痛
头痛可与腹痛同时发生，男孩多于女孩，腹痛常常掩盖头痛。患儿严重腹痛，疼痛多在脐周，且伴有恶心、呕吐，腹痛发作数分钟或数十分钟后，进入深度睡眠状态，醒后一切恢复正常。脑电图可有癫痫波形，有家族史，用苯巴比妥治疗有效。
(6)腹型癫痫
腹痛严重，多在脐周或上腹部，突然发作，突然停止，持续时间长短不一，同时伴有呕吐。年长儿多见。发作时脑电图有癫痫波形。
(7)慢性阑尾炎
右下腹有固定压痛，有急性阑尾炎发作史，腹部B超检查有助诊断。
(8)不全性肠梗阻
如肠粘连，肠旋转不良，肠重复畸形，消化道异物，都可以表现再发性腹痛。这些疾病呕吐物有时带有胆汁，腹部可有肠型，肠鸣音可亢进，大便潜血可阳性，钡餐检查有助于诊断。肠道细菌感染，胆道蛔虫，胆结石，慢性胰腺炎，胰管梗阻，尿路感染、畸形、结石，均可引起再发性腹痛，必须做鉴别诊断。
(9)变态反应性疾病
过敏性紫癜中的腹型能引起不同程度的腹痛；患儿的臀部和双下肢伸侧有紫癜存在，所以诊断不会遇到困难，但应该引起重视的是，过敏性紫癜容易诱发肠套叠。风湿热年长儿多发，可有自发性腹痛。此病多侵犯心脏和关节，血沉、抗链O、C反应蛋白、心电图等项检查能帮助诊断。
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