有人认为，腹泻必然是胃肠道细菌感染，因而一旦腹泻便使用抗生素来治疗，如黄连素、庆大霉素、环丙沙星、氟哌酸等。滥服的结果是引起不同程度的胃肠道副作用，恶心、呕吐、食欲下降，甚至影响肝脏、肾脏和造血功能，其中以广谱抗生素引起的胃肠道副作用较为严重。
痢疾和一部分由大肠杆菌感染所引起的肠炎，属细菌感染，治疗时用抗菌药物。然而，腹部受凉引起的肠蠕动加快、食物过敏引起肠的变态反应、胰腺外分泌功能不足、胰腺癌等都有可能造成腹泻；婴幼儿秋冬季腹泻、成人和青少年夏季“流行性腹泻”及霉菌性肠炎等都不属于细菌感染，治疗方法就不应该完全相同。所以千万不能随意自行服用抗菌药物，应及时就医。
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