因为MCTD和重叠综合征都属于自身免疫性疾病范畴，所以在传统的西医治疗中，首选药物仍然是糖皮质激素（强的松、地塞米松、强的松龙等）和免疫抑制剂（环磷酰胺、硫唑嘌呤、雷公藤多甙等）。治疗效果目前还没有权威的统计数据。但有一点可以肯定，激素和免疫抑制剂虽对该病有效，但不能从根本上治愈，且药物产生的副作用往往使病人放弃治疗，致病情加重和恶化，而危及患者生命。 以往认为MCTD累及肾脏和中枢神经系统较少，激素对其疗效较好，但后来发现有些病例并不如此，成人死亡率约为4%-7%，死亡原因大多为肺动脉高压、肾功能不全、心肌炎、心肌梗塞、心衰、脑栓塞和泛发性血管炎等。发生在儿童的MCTD病情较重，累及中枢神经系统、心肾较成人为多，亦常有关节炎，可有严重的血小板降低。 关于重叠综合征的预后与六种传统的结缔组织病的预后相类似，只是重叠综合征比单一的结缔组织病更难治，用药疗程更长。
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