根据国内材料，细菌性肝脓肿经各种方法治疗的死亡率约为：单纯抗菌药物治疗者20%左右，抗菌药物合并穿刺抽脓或切开引流者15%左右。但多发脓肿死亡率显著高于单个脓肿。本病应视为全身性病变加以治疗，其要点：①结合原发感染灶的分析，选用合适抗菌药物，获细菌培养结果后加以调整。②十分重视全身性支持疗法。③适当配合中药治疗。④对已液化成熟的脓肿，小而多发者宜单纯药物治疗，单个较大或其中有较大的脓肿者，可在超声指引下反复穿刺抽脓，脓腔内注入抗菌药物。或经皮穿刺置入导管作引流。⑤在目前已有较好的抗菌药物与较准确的超声定位条件下，外科切开引流术已较少用。但对全身毒性症状严重、脓肿较大且有穿破危险者，或邻近多个脓肿而穿刺不能达到充分引流者，或药物治疗未能控制其迅速发展者，可酌情作切开引流。⑥原发化脓灶的相应治疗。 抗菌药物可首先针对大肠杆菌、链球菌与葡萄球菌，待细菌培养有结果后再选用合适药物。通常可供选用的抗菌物有氨基糖甙类药物、先锋霉素、林可霉素、卡那霉素、氨苄青霉素、羧苄青霉素、灭滴灵等。全身性支持必要时可小量多次输血。中药治疗宜辨证论治，对重症者宜清热解毒与扶正兼顾。
超声指引下穿刺抽脓关键在于准确定位，穿刺点应避免进入胸腔，穿刺针粗细适度；有时可经皮穿置入硅胶管或塑料管作持续引流。
切开引流目前多经腹进行，通常取右肋缘下斜切口，在严密保护腹腔与脏器条件下切开脓腔，迅速吸净脓液，以有侧孔的乳胶管作引流，有时可将一小塑料管扎附于胶管，以便术后由此注入抗菌药物。对右肝后方脓肝，亦可经腹膜外途径作切开引流，通常由右侧第十二肋床切口进入，在腹膜外以手指经右肾上极的腹膜后间隙进入脓腔，此法目前已少用。慢性局限性肝脓疡久治愈亦可手术切除。