吸收不良综合征的治疗，应该困难而异。首先应该治疗原发性疾病，如肝、胆、胰、小肠疾患。然而，这些患者的治疗也有一些共同遵循的原则和方法： ㈠饮食控制：最好采用高热量、高蛋白质、高维生素、易消化、无刺激性的低脂肪饮食。特别是脂肪痢患者，更应严格限制脂肪，每日的脂肪量不宜超过40g。
㈡补充控制：原则是缺什么补什么。早期宜静脉内或肌肉内注射，且应加大剂量，待病情缓解后可改为口服维持量治疗。如缺铁性贫血，应补充铁剂；有出血倾向者，应补充维生素K和C；有骨质疏松、骨软化征象可补充维生素D和钙。国外有些学者提倡使用多种维生素制剂，国内的这类产口有高效施尔康胶囊和21-金维他片。
㈢对症处理：对于某些症状特别明显的患者，可在治疗原发性疾病、控制饮食和给予充治疗的基础上，作酌情的对症处理，以缓解症状。
㈣抗感染：对伴有继发性感染的患者可酌情使用抗生素，如口服氟哌酸胶囊，一次0.2g，一日4次，饭前服用。
㈤手术治疗：对“盲襻综合征”、小肠肿瘤、胰朱肿瘤等患者，可手术治疗。
㈥慎用激素：肾上腺皮质激素对某些严重患者可有一定的疗效，因为它可增加消化道对氮、脂肪和其他营养素的吸收，在增强患的食欲方面有一种非特异怀的作用，且可诱发轻度的欣快舒适感。可静脉内注射氢化考的松，剂量为100～300mg/24小时。然而，因有停药后的复发倾向，加之长期应用可导致水钠潴留，加重低钾，并有引起骨质疏松的危险，故一般应谨慎使用。只有极顽固病例，方可考虑在医师指导下酌情应用。