当代各种心理治疗派别是在不同的理论基础之上发展起来的。这些心理治疗派别的创始人所处时代和社会不同，受到的哲学思想和教育的影响以及社会经历都不一样。他们对心理现象和人类行为的理解，对病理心理和病态行为的认识形成各具特色的思想体系。他们在实践中摸索出一系列矫正病理心理和病态行为、促进心理健康的对策，建立了各具独特风格的心理治疗技术；进而对其成功的经验，进行理论概括，提出假说，形成其心理治疗的理论基础。可以说，心理治疗的理论，既集中反映了心理治疗创始人对正常心理和心理障碍的认识，也是心理治疗技术进一步发展的重要支柱。弗洛伊德的精神分析技术就是他在医疗实践中摸索出来的。他不满意催眠治疗的效果，发现集中注意和自由联想对恢复病人遗忘了的记忆和消除症状更为方便、有效。他对治疗中观察到的现象进行重新认识和解释，提出阻抗和压抑(潜抑)的概念，并进而发展为：潜意识理论，性心理理论和精神结构理论。这些基本理论，加上神经症的病理心理假说，便构成精神分析技术的理论基础。这些理论系统地反映弗洛伊德对正常心理和病态心理的认识，说明了精神分析的治疗机制，后来又促进了精神分析的进一步发展，从本世纪20年代到50年代盛行于欧美各国。阿德勒、荣格、栾克以及霍妮、弗洛姆、艾里克森、沙利文等人学习了弗洛伊德精神分析理论，分别对其中某些观点进行修订和补充，提出新的理论体系，建立了个体心理学、分析心理学、出生焦虑理论和各种社会文化学派别；并对精神分析技术作了相应的改进，发展而为现代精神分析性心理治疗，或统称为心理动力学疗法。
罗杰斯“以当事人为中心”的非指导性心理治疗，强调人类具有了解其自身存在和建设性地改变自身行为的巨大潜力，具有自我实现的基本行为倾向；这是与生俱来的。在某种特定情况下，这种潜力可以充分发挥出来，以保证自身的存在和促进自身的发展。心理治疗的目标不是针对当事人所面临的各种问题，而是使当事人在与治疗者建立真诚的相互关系中，重新、正确地体验他的矛盾和冲突，以促进自身潜能的实现。这一理论的建立，有其人本主义心理学根源，强调人的尊严与价值，重视内在潜能的发挥和自我实现，但也受到现象学派哲学思潮的影响。根据现象学观念，罗杰斯认为在心理治疗过程中应努力了解当事人的现象世界，并改变他的现象世界。治疗者设身处地想当事人之所想，是了解当事人现象世界唯一的途径，而为当事人提供理想的人际关系则是改变他的现象世界最好的方式。现象世界的改变自然会导致其行为的改变。罗杰斯反对治疗者把外来的观点强加于当事人。他说：“我如不强加于人，他们会表现其本性。”这一“非指导性”原则体现了中国老子“我无为而民自化，我好静而民自正，我无事而民自富，我无欲而民自朴”的哲学观点。

行为疗法是在桑代克古典的学习理论、华生等的行为主义心理学、巴甫洛夫的经典条件反射学说、斯金纳的操作性条件反射理论和一系列现代学习理论的基础之上发展起来的。这些理论的依据来源于动物实验和对人类行为的观察。学习理论认为：人类的各种行为，包括适应性行为和非适应性行为，都是学习得来的。个体的病态行为是通过社会环境习得的非适应性行为，可以运用“解除学习”的方法加以消除。行为治疗的目的在于，通过学习和训练，矫正各种病态行为，使个体能良好地适应其社会环境。行为矫正技术，充分运用了条件反射强化和消退的原理以及学习效果律，以发挥其治疗作用。行为疗法的兴起是在理论和实践两方面对精神分析治疗的严重挑战。

另有一类心理疗法是在强调理性思维和认知活动起决定作用的理论基础之上发展起来的。艾里斯认为，人类行为，有理性行为和非理性行为之分。按理性思维行事，可使人的生活富有成效、快乐、成功。而心理障碍则与不恰当的期望和非理性思维有关。教病人以理性思维，便可使他克服障碍。在这一理论基础之上，艾里斯创建了理性心理治疗，或称理性情绪心理治疗。贝克的认知疗法，也是在相似理论基础之上发展起来的。贝克认为，病人的问题大都起源于对现实的某些歪曲的认识，这些歪曲的认识则基于错误的前提和假设。因此，治疗者的任务是帮助病人了解哪些认识是歪曲的，并学会用较现实的方式去应付现实。

精神分析、行为疗法和认知疗法是心理治疗中三个主要的理论体系。除此之外，还有各种各样的心理疗法，建立在各自的理论基础之上。例如，帕尔斯的格式塔心理治疗，强调格式塔心理学的整体观。弗兰克的存在意识疗法，以存在主义哲学思想为指导。家庭疗法，把家庭看做是一个相互作用的系统，存在着环性反馈过程。家庭成员的心理障碍其原因往往不在个人，而与家庭结婚、家庭交流紊乱有关。其他心理疗法的理论基础很难在这里一一列举。但值得指出的是，近20余年来，现代心理疗法出现一种趋势，即将不同性质的心理疗法，综合起来运用，发展成为新的心理疗法，如认知行为疗法，就是把认知因素引进到行为疗法中而形成的心理疗法。这一总的趋势，成为一个新的心理治疗流派，即折衷主义心理疗法。一些心理治疗者认为，至今没有哪一种特殊的心理治疗理论使大家完全信服，但都能在医疗实践中发挥其治病的作用。于是一些临床家不拘泥于单一的理论体系，把不同的治疗方法结合起来，集各心理治疗流派之所长，取其精华，灵活运用；但未能形成一个统一的理论体系。其思想影响可上溯到美国的心理学家詹姆士、吴伟士和精神病学家麦尔。

至于一般心理治疗，如支持性心理疗法等，并未形成完整的理论体系，也不以任何单一学说作为其理论基础。治疗者往往根据自己对病人心理障碍的理解，分别给予安慰、鼓励、劝导、解释、暗示或保证，以增强病人的安全感和应激能力，顺利度过危机。