木质砧板的安全性与被切割的食物种类、清洗次数及方法有关；木质砧板并不适合用来剁切每一种食物，虽然它们的外表很漂亮，却可能吸收食物上的汁液，而让这些食物的渣子很容易就藏入其中，这么一来，木质砧板便会 变成细菌滋生的园地。 要让砧板不吸收食物的汁液，首先要在木质表面抹油，但不要使用蔬菜油，因为可食用的油如玉米油、大豆油、橄榄油及油菜籽油等都会腐臭而影响食物卫生；应该使用不可食的油品，如矿物油，有一种产品叫做“砧板油”，是专为木质砧板特制的涂抹油。
每次使用砧板之后，特别是剁切过肉品，砧板必须彻底清洗干净，最起码要用很热的水加上清洁剂来洗；为了确保砧板表面无菌，可使用温和的中性杀菌剂，如加水稀释漂白剂，然后再冲洗干净。