相当流行的三合一即溶咖啡是工业化的合成品，主要由砂糖、脂类咖啡伴侣和咖啡组成，营养成分不如新鲜咖啡豆泡制出来的传统咖啡好，脂肪和糖分较高，优质蛋白及咖啡因较低，生产过程中可能会失去咖啡的精华。
对于肥胖者和正在减肥的人来说，虽然有少量报导指出咖啡有减肥的功效，但也不能多喝。因为咖啡因会促进消化液的分泌，增进食欲，加速食物的消化和吸收。尤其是三合一即溶咖啡，含糖和脂肪成分较高，小心越喝越胖。怀孕和哺乳期的妇女，应慎喝咖啡，以免对胎儿和新生儿造成不良影响。 老年人如果患有脑血管疾病或糖尿病，应尽量少喝咖啡。虽然咖啡因有强心作用，但同时也会加快心跳率，容易引起心肌缺氧。如果是身体健康的老人，除了保证喝咖啡不要过量外，还应注意要适当补充高钙食物或钙剂，以免骨质疏松加剧。
不要在空腹时喝咖啡，因为咖啡会刺激胃酸分泌。有胃病的人，尤其是有胃溃疡的人更应谨慎。饮用咖啡的温度不宜太高，最佳温度是70-80摄氏度，在此温度下，咖啡的营养物质最稳定，不易分解，而且口感最佳。