近年发现，干扰素还有一类特殊的不良反应，虽发生率较低，但危害性大，常导致治疗中止甚至危及病人生命。

精神神经症状临床最为严重且占比率最高的特殊副作用，以精神抑郁为主，占用药者的8.5％～8.9％不等。其中20％～30％为轻度抑郁，8.5％需精神专科治疗或中止用药。此类副作用还有精神错乱、记忆力减退、幻听、幻视、躁狂甚至自杀倾向等。日本调查，仅在1999年3月因用干扰素而抑郁自杀者即达15人之多。

病人神经症状复杂多样，如感觉异常、神经性肌萎缩、末梢神经炎、运动神经痛等。1998年英国报告有一老年女性，应用干扰素3天后诱发了左侧外展神经麻痹、复视和步态不稳，停药及应用肾上腺糖皮质素治疗方愈。

甲状腺异常据日本统计，8810例丙肝病人应用干扰素后，甲状腺功能异常的发生率为0.85％，而美国则达2.5％～6％。

症状主要为甲状腺炎、甲状腺毒症、甲亢或甲低，多发生于用药16～20周，自身抗体阳性者及女性病人易于发病。

间质性肺炎这一副作用发生率仅为0.18％，但后果严重，晚期患者可因呼吸衰竭而死亡。病人多于用药2～12周间发病，需及早停药。

代谢异常常见者表现为糖尿病加重，血糖不易控制，偶见脂肪肝和药物性胰腺炎。

严重出血干扰素诱发的出血多继发于血小板显著下降，大剂量应用者可致颅内出血，亦偶见难治性血小板减少性紫癜并发皮下和子宫出血。

自身免疫性疾病干扰素治疗乙肝或丙肝，可诱发类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、牛皮癣等，病人多为女性。

重要器官受损心血管损害主要表现为心肌炎、传导阻滞、心动过缓，脑血管损害可见椎基底动脉供血不足。部分病人可发生眼底出血、白斑，极少数发生眼动静脉闭塞。

上述副作用多数可逆，停药后可自行缓解。因而，医生应对使用干扰素的病人密切观察，有问题应及时停药。