因为用后常可刺激胃肠道，引起恶心呕吐、腹泻；8岁以前的孩子过多服用四环素后，可造成四环素牙，使牙齿变成永久性黄棕色，甚至使乳牙及恒齿的釉质发育不良；有时可出现暂时性阻碍孩子骨骼生长；用药后还可发生过敏反应，如药疹、肛门及外阴瘙痒；长期或大量使用四环素可造成肝、肾损害，血栓静脉炎，并且还可能造成尿中核黄素排泄增加；有的由于给孩子用四环素而引起体内正常菌群紊乱，导致耐药的葡萄球菌、大肠杆菌、真菌等二重感染，而且还可使肠道内制造B族维生素及维生素K的细菌遭到抑制，而出现维生素缺乏症。对于婴儿使用四环素的危害更大。

由于婴儿血脑屏障发育不全，通透性很高，使用四环素后，极易进入颅内而造成颅内高压症。一般在用药后5小时至4日出现，轻者可见孩子的前囱门隆起，重者可出现烦躁不安，哭闹或昏睡、拒食和呕吐等，如果不治疗及时，常可危及孩子的生命。因此小儿要禁用四环素。