虽然，药物牙膏对口腔疾病有一定作用，但若长期使用，其害不浅。

假如长期使用洗必泰、两面针、黄芩、田七、康齿灵等消炎护齿类牙膏，不仅使口腔中的致病菌产生抗药性，而且在杀灭致病菌的同时，还会杀灭口腔中的有益细菌。这些有益细菌是人口腔中所必须的，若被抑制，不仅给疾病的治疗带来困难，还会出现新的感染。如常见的二重感染、就是长期滥用抗生素所致，另外，许多药物牙膏中含有生物碱和刺激性的物质，长期滥用这样的牙膏，不仅损害口腔中的娇嫩粘膜，还会因长期不断的较强刺激而使牙龈、口腔、舌头、口唇、咽喉等处发炎，甚至溃疡。有些药物牙膏有浓厚的苦辣味，这种异味常常使人胃肠不适。再说，有些药物牙膏常加进一些色素，长期使用还会使牙齿失去光泽。