疗效的比较不是一个简单的问题。非处方药均来自处方药，多是经过临床较长时间考验、疗效肯定，服用方便，安全性比处方药相对要高的药品。一些处方药的疗效很好，但由于安全性问题或使用不方便等原因不能作为非处方药。另外，一些新上市的药品，虽然疗效很好，但尚缺乏较长的考察，安全性未定，也不能作为非处方药。一般新上市的处方药需经过3－5年的考察才能转为非处方药。
选用非处方药前，应对自己的身体状况有所了解。实行药品分类管理后，人们可以“大病上医院，小病去药店”，但大家要记住，有些非处方药对某些疾病是禁用的，如有胃十二指肠溃疡的患者选用阿斯匹林来退烧是不适宜的，因阿斯匹林可加重胃十二指肠溃疡，甚至引起胃肠出血。
是否还存在其它疾病或脏器功能损害，如青光眼、糖尿病、高血压、癫病、肝肾功能不全等，都是在选用非处方药时必须注意的问题。
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