腹股沟肉芽肿的病原体是肉芽肿荚膜杆菌，该菌具有特殊的形态，当实验室检查到该菌时，有助于诊断。
(1)组织压印片检查 镜检可在大单核细胞的胞浆中找到成簇的蓝色的别针样菌。
(2)病损组织液的涂片检查 从病损处刮取组织液作涂片，如病损为肿块，应从肿块边缘刮取，如病损发展成为溃疡，应先清洗溃疡表面，然后刮取组织液作涂片。常用瑞特或姬姆萨染色，也可作革兰氏染色。在革兰氏染色中，本菌为革兰氏染色阴性的球杆菌，大小为1.5 μm×0.7 μm。有时可见菌体外包有荚膜，酷似别针。在瑞特染色中，菌体呈蓝色，荚膜呈红色。有时在大单核细胞内可发现有荚膜的菌体，呈圆形或卵圆形，直径为1～2μm，称为Donovan小体。
(3)鸡胚接种 将可疑的病损材料接种于已孵育7天的鸡胚绒毛尿囊膜内，经一段时间培养后取材置玻片上，在空气中干燥后染色镜检，寻找有无本菌。但本法易被污染，操作也烦琐。
(4)组织病理 用HE染色可见损害中心部表皮缺失，溃疡活动边缘表皮为假性上皮瘤样增生，真皮内可见组织细胞、单核细胞、浆细胞及少数淋巴细胞。用姬姆萨染色，可在肿大的组织细胞内见到多囊分隔空间，其中有1～20个Donovan小体。
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