性病性淋巴肉芽肿在不洁性交后约有1～3周的潜伏期，平均为7～10天。发病时先在小阴唇、尿道口或阴道口周围出现直径约5～6毫米的小疱疹，一个或多个，继之形成表浅的溃疡。患者无明显疼痛等症状，可伴有头痛、发热、无力等轻微的全身症状。皮肤损害于数日后自行消失，不留痕迹。但这并非意味着疾病已痊愈，而是在原发皮肤损害发生1～4周后将出现腹股沟淋巴结炎。多数为单侧，淋巴结红肿、疼痛，开始时肿大的淋巴结散在、孤立、质硬、有压痛，以后可相互粘连成团，表面皮肤颜色青紫。60%的病人数周后肿大的淋巴结化脓破溃，形成瘘管。另外，由于女性阴道上2/3段及宫颈的淋巴回流与直肠周围淋巴结间有许多交通支相互联系，因此通过淋巴扩散会将病变传至直肠，还能传至盆腔淋巴结及宫旁组织，引起直肠炎和直肠周围炎，出现腹痛、腹泻、便血、里急后重等症。进一步发展会引起直肠狭窄，出现便难、便细，甚至直肠梗阻。长期的慢性腹股沟淋巴结炎使淋巴引流不畅，还会引起外阴象皮肿。极少数病人的外阴象皮肿液及肛周，直肠病变可继发癌变。
常用的实验室检查有血清学实验和衣原体培养法。血清学检查有补体结合试验(常在感染4周后出现阳性，1∶64以上有诊断意义)和微量免疫荧光试验法，后者的敏感性和特异性均较补体结合试验为好，可用于鉴别本病与其他衣原体感染引起的疾病。也可以自病灶处取分泌物染色涂片后直接镜检，查找细胞内包涵体进行诊断，但阳性率不高。
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