藏医药具有完整的理论体系，并有效地指导着临床实践。
值得注意的是，藏医药在其理论形成过程中，曾向邻近国家或地区的民族学习过各种先进的医学精华，并把它们加以消化、改造和提高，形成和创造了具有本民族特色的医学理论体系。
藏医药学认为，隆、赤巴、培根三大元素是构成人体的物质基础，也是进行生命活动所不可缺少的能量和基础。在正常生理状态下，三者在人体内保持着协调和平衡的关系，因而是生理性的。每当三者中的任何一个因素或几个因素由于某种原因而出现过于兴盛或衰微的情况时，则变成了病理性的东西，而出现隆的病态、赤巴的病态和培根的病态，治疗上就需要对三者进行调整，使其恢复到原来的协调状态，达到健康的水平。
隆、赤巴、培根各有自己的特点，各有自己不同的功能，但它们之间并非各自独立，互不相干的，而是互相依存、互相制约的。
隆：是推动人体生命机能的动力，与生命活动的各种机能密切相关。它的性质与汉族中医的“气”很有些相似，但不完全一样。根据隆的不同机能和存在部位的不同，又可以把隆分成五种：
维命隆：音译“索增隆”。它存在于人体头顶部，也即中医所说的百会穴的部位，其运行的部位是咽喉部和胸部。它司人体的吞咽动作，司理呼吸运动，唾液分泌，打喷嚏，打饱呃，使人的记忆力清醒、增强，感官聪明而敏锐，还维持着人体正常的精神状态。
上行隆：音译“紧久隆”。它存在于人体的胸部，并运行于鼻部、舌头和喉头部位。它司人体的发声，使人面色红润有光泽、充满活力、精神振奋、善于思考。
遍行隆：音译“恰不其隆”。它主要存在于心脏，并运行于全身。它司人体四肢的活动、屈伸行走，还司眼睛及口唇的开合，并主管人的语言和思维活动。
下泄隆：音译“吐色隆”。它存在于人体的肛门部位，运行于人体的下部，包括大肠、膀胱、会阴等部位以及大腿的内侧。它司人体精液的排出、月经和大小便等的排出，还管理忍便的控制以及妇女分娩过程等。总之，凡人体下半身的各种机能，都由它来司理。
伴火隆，音译“梅年姆隆”。主要存在于人体胃脘部位，运行于人体内部各脏腑器官之间。它主管人体的消化机能，负责把食物中的精华和糟粕分开，并促使血液生成和成熟起来。
赤巴：具有火热的性质，也是负责人体内脏腑机能活动的一种因素，具有中医“火”行的性质。这是一种生理活动所需要的火或热量，与病理上的火邪不同。根据赤巴存在的部位和具体功能的不同，赤巴又可以分成五种：
消赤巴：也译成消化赤巴，音译“赤巴久觉”。它存在于胃肠之间，其作用是协助把食物中的精华和糟粕加以分解，使其产生出热能，并使其他各种赤巴的作用能正常地进行，更好地发挥其生理作用。
变色赤巴：音译“赤巴当久”。它位于人体的肝脏，主要作用是使食物中的精微所包含的色素变成体内各种成分应具有的色泽。如血液中具有的红颜色、胆汁中的黄绿色，以及肌肉的红色、粪便中深浅不同的黄褐色等。
能作赤巴：音译“赤巴朱且”。它位于心脏部位，其职能是司人的思想意识，负责人的胆略，使心胸开朗，有谋识。人的欲望及骄做的情绪也与它有关。
能视赤巴：音译“赤巴通且”。它位于人的眼睛部位，主宰人体的视觉，使人能看到体外周围的物体，并与辨别其颜色有关。
明色赤巴：音译“赤巴多塞”。它存在于人体表皮表面的部位，使人的皮肤细腻、润泽和光亮。
培根：具有水和土的性质，与人体内津液、粘液及其他水液的物质和机能保持密切的关系。也有人把培根译成痰或粘液。这里的“痰”是正常生理状态下存在的正常物质，而不是病理状态下出现的痰液。根据其所在的位置及功能，又分为五种：
培根丹且：又意译为能依痰。它位于胸中，为5种培根之首，可协助其他4种培根的正常机能运转。当人体体内的体液水分产生异常，即过多或过少时，培根丹且能起调节作用，使其恢复正常。
培根涅且：又意译为能化培根。它位于胃的上部，能磨碎食物、消化腐熟食物。当然，这一机能还需与其他两种因素，即消化赤巴、消化隆来共同完成。
培根良且：又意译为能昧培根。它位于舌头的部位，其主要功能是主管人体尝味的机能以辨别食物中的各种不同味道。
培根其木且：又意译为能足培根。它也位于头部，在外界刺激作用下，它能使人体产生各种精神情绪，如喜、怒、哀、伤、知足、满意等。
培根居而且：又意译为能合培根。它分布在人体的各个关节部位，其功能是使关节，也即骨骼与骨骼相结合的部位紧密地结合在一起，负责关节的屈曲和伸张，使它们能灵活地活动。
尽管隆、赤巴、培根均分成5种，每种隆、赤巴、培根又各司其职，有自己的特性，但它们也有些共同的特性。
隆的特性是：粗、轻、寒、微、硬、动这六种。
粗，其表现特点是性情急躁，舌苔明显，厚而粗，皮肤粗糙；
轻，指人体的活动轻捷灵便，性情也变化不定，难于捉摸；
寒，是指人体喜欢避寒就温，平时喜欢晒太阳、烤火，饮食也喜热食，不喜凉食；
微，其表现是随处可到，无处不在，无孔不入；
硬，指在体内有坚硬的性质，成形的硬块，在胸腹部常表现坚硬而不柔软，一般称为痞块或痞气；
动，在性情方面，表现为情志容易变动，爱激动；人喜欢活动，到处流动。它与微、轻这两种特性也密切相关。
赤巴的特性包括腻、锐、热、轻、臭、泻、湿等6种。
腻：指使人有油和腻的外观，如面部、皮肤，都分泌出较多的油质，光亮润泽；
锐：主要指人的性情敏捷，也较暴躁，患病时多为急病，如为疖肿，也较易化脓；
热：指人体喜冷而恶热，喜在凉处而怕热，饮水也爱凉饮；
轻：指身体轻盈，在患病时，也都比较轻而易治；
臭：指它使人体分泌的汗液具有一些微臭，而尿液也都具有明显的腥臭味等；
泻：指它使食入的食物中难消化之成分排泄，发生腹泻；
湿：指它使人体保持较多的水液、痰湿，体表也较湿，还常使人泄泻。
培根的特性包括腻、凉、重、钝、稳、柔、粘等7种。
腻：与赤巴的腻性相近，即带有油腻的性质，逢有舌苔时，也多粘腻。但这种粘腻多为白色，与赤巴的粘腻舌苔不同，后者多为黄色，其排泄物如粪便、汗液、尿液等也多粘腻；
凉：指身体多凉，喜欢呆在温暖的地方，平时则喜热饮热食，不喜凉饮；
重：指身体多重坠，动作笨重不轻便，行动也懒慢，不喜活动，如患病一般也较重；
钝：一般是指人体患病时，病情发展较慢，变化不大，也不易转变成其他病；
稳：指人比较稳重，不易激动，病情也较稳，不易产生突然的变化；
柔：指它的性质柔软，嫩薄，如表现在舌苔上，也较轻而薄，如有疼痛，也是轻微的；
粘：指分泌物多粘而厚，如吐泻出来的排泄物，常带多量粘液。
藏医三元素在人体内的应用极为广泛。它们的特性不仅表现在身体上各种生理、结构方面，以及患病时的特点，更重要的是它还广泛应用于人体的心理素质和性格类型，大致情况是：
隆型：具有上述隆的特性，凡是隆型的人，多有以下这些特点：身体略弯曲，甚至佝偻驼背，人较瘦削修长，面色偏浅灰或浅蓝色，关节里常出现响声。这种人喜欢谈笑，爱唱歌，也爱与人争吵甚至打架斗殴。身体抗力较差，易患感冒，平时则多喜吃带酸味、苦味的食物。
赤巴型：具有赤巴型的人，与赤巴的特性的表现相类似，有如下特点：容易感到口渴、饥饿。赤巴型体质的人头发发黄，一般体型和身材都属中等，人也聪明，但常表现骄傲，面色多红润。
培根型：这种类型的人，常表现一些培根所具有的特性，其特点是身体常发凉，感到虚冷，体型偏肥胖，面色多灰白。这种人喜欢酸食，其性情较开朗愉快，人较长寿、富有。
也应该注意到，人体常不是只出现单纯的隆、赤巴、培根中的一种类型，而是经常有两种因素的混合型，主要表现则是两种因素特性的混合，哪种因素偏多，则表现多为该种因素的特性。从身材说，如为隆与赤巴混合型，这种人身材矮小；隆与培根混合型的人，身体多中等；赤巴和培根混合型的人，身材则特别高大。
根据人体的类型，藏医在治疗、养生等方面都提出了相应的具体措施和办法。
藏医由于民族风俗，对人体的构造有较具体和深入的了解，在各种传统医学体系之中，可以说是最先进的一种。
藏医认为，人体有七种基础物质和三种秽物。这七种物质为食物精微、血液、肌肉、脂肪、骨骼、骨髓和精液。这七种物质都是有形的物质，构成人体的主要物质。而三种秽物则是指粪便、尿液和汗液。
人体内的器官，藏医也认为有五脏、六腑。五脏指心脏、肺脏、肝脏、脾脏、肾脏，六腑指小肠、大肠、胃、胆、膀胱和三木休（指男性的精囊，女性的卵巢）。藏医形象地给这些脏腑打了比喻，认为心脏为国王，坐在宝座上；肺如大臣和太子，有五叶为母肺，有五叶为子肺；肝脏和脾脏则是大小后妃；肾脏象托着屋梁的外臣；精囊、卵巢象珍宝库；胃象一口炒锅；小肠大肠象王后的奴仆；胆象悬挂起来的鼓风皮袋；膀胱好似盛水的陶罐。此外，藏医对身体的每一部位，每一个结构都有形象的比喻、包括脊椎、髓骨、胸骨、肋骨、命脉、脉络、肌肉，皮肤、锁骨、肩胛骨、头部、五官、头盖骨、头发、横膈膜、双手、双脚等等，都已经提到，这已充分表明，藏医对人体的局部解剖学有较深的了解，尽管对这些构造的形象比喻并不完全恰当。
藏医认为，全身共有骨头360块，其中脊椎骨28块，肋骨24条，牙齿32颗。四肢大关节有12个，小关节有210处。韧带16处，头发有21000根，汗毛孔有1100万。藏医认为，人体有一系列管线系统。其中的白脉十分重要，《四部医典》对此有一段描述，说“从脑部脉的海洋里，象树根一样向下延伸，司管传导的水脉有十九条。”还有象丝线一般的连接脏腑的脉等，这与现代神经的概念颇相一致；而藏医所说的黑脉，认为它象树枝一样，有的与脏腑相连，有的与皮肤肌肉相连，其分支有大干脉，有小脉700条，更有微细的脉道遍布全身。这些黑脉从其特点来看，应该是现代的血管。
身体各种器官，各种结构的机能，藏医也有所认识。如对于七大物质，认为精华是促使身体生长发育所必需的物质，血液能滋润身体、维持生命，肌肉把全身都复盖起来，脂肪使身体各部分油光滋润，骨骼能支撑整个身体，骨髓能产生精华，精液能起生殖作用。
藏医还对人体的消化过程，以及吸收精华及精华在体内的转化，有着相当精确的描述。它认为，食物进入胃以后，在这里腐熟消化，是由胃火，也即消化的赤巴来进行的，其中有梅年木隆、能消赤巴和培根涅且共同完成消化。最后就是吐色隆把糟粕和精华分开。糟粕进入小肠，分成浓稀两部分，稀的为小便，浓的是大便。在胃部接受精华的脉经过肝脏，在这里，精华变成了血液，随后依次变成肌肉、脂肪、骨、髓和精液。
关于疾病发生的机理，藏医认为归根结底是由于隆、赤巴、培根这三者之间失去协调和平衡，使身体的元气受到损害，而危及健康。因此，治疗的目的，就在于调整这三大因素的盛衰偏胜，达到重新协调的状态。
在长期的临床实践过程中，藏医药逐步形成了诊断与治疗方面十分丰富而且独特的知识与经验：
诊断 诊断是医生临证工作中的重要一环，有了正确的诊断，才能对症治疗。藏医的诊断方法包括问诊、尿诊（望诊）和脉诊（触诊）
问诊 藏医问诊的内容比较广，包括：
起病缓急：突然起病者大多是急症，如感冒大多突起恶寒、发热、头痛；猛炭疽病起病也十分猛烈；五脏六腑病则多为慢性病，说不清何时起病，而只能模糊指出大约有多长时间了等等。
起病原因：有不少病症患者自己可以明确指出原因或诱因。如由于暴饮暴食而发生胃痛、呕吐，腹泻等；由于受凉而发热、鼻塞、咳嗽等；但也有不少病症难于诉说具体的病因或有什么其他诱因，如疠病杂症、痄腮、炭疽等等，都没有明显的发病原因可以询问出来。
气候环境因素：如环境中的寒冷、燥热、潮湿以及受风等等，对于疾病都有相当重要的影响。住所的通风情况、室内温度及潮湿的因素，都应该询问清楚，这些对于决定疾病种类，都有一定的参考价值。
职业和家庭情况：患者从事何种工作，与病种有一定关系，如畜牧区易得脓包炭疽、强体力劳动易患扩散伤热等等。有的疾病与家庭情况有关，如有些瘟疫病常可在家庭成员中有同样病症而是互相传染的等。
饮食起居：藏医认为，饮食不节能导致很多疾病，不仅仅胃肠病是饮食失常直接引起的，很多病症，包括瘟病、气息不安、呃逆、食积痞瘤等，都与饮食不节有关。至于精神因素，藏医也很重视，也是问诊的内容之一。
总之，问诊的内容涉及面很广，有时还要包括发病以后，病情的变化和已经接受过的治疗情况，作为正确判断病情的参考。
胚胎学是认识和研究人体从开始形成，发育直至分娩，离开母体这一段时间里的各种现象的学问。藏医在这方面有着辉煌的历史，也有很多成就。
首先是胎儿形成这一生理现象的认识。早在1000多年前的《四部医典》中，对这个问题已有充分的认识，指出人体受孕最合适的日子是在妇女月经来潮后的12天左右，过早过晚，都不易受孕，这一记载，在中国各民族的传统医学中，是最为科学而准确的。书中还指出，在月经前这一时间里，妇女很容易感到身体疲乏、困倦，面色也憔悴，乳房胀，腰背小腹等处微感不适或疼痛；而在易于受孕的时间里，女性常有较强烈的性欲，也是容易受孕之时。
藏医认为，胎儿是由父亲的精与母亲的血二者结合而成的，不论是父精，或是母血，只要一方有病，如隆、赤巴、培根有病，就无法受孕，如精或血的外观粗糙，颜色、粘稠度异常，气味不正等，都不会受孕怀胎。在没有显微镜足以观察到细如精子或卵子的结构时，这种描述不仅是自然可取的，而且具有十分重要的意义。因为在旧社会，总是把不孕的责任全归咎于妇女，而藏医却明确提出男女双方有着同样责任，这是完全符合科学道理的。
藏医还指出，胎儿的形成，还需要正常的五源条件。所谓五源，是指土、水、火、风、空。无独有偶，汉族中医也认为，胎儿形成后，逐渐发育，四月而水受之，五月而火受之，六月而金受之，七月而木受之，八月而土受之，二者不谋而合，只是藏医的五源与中医的五行稍有不同，中医的土，是发育的土地，而藏医的空，是胎儿发育的空间，意义上都相差不远，也都认为，这五种必须同时具备，缺一不可，而且五者应互相协调，胎儿才能正常发育。
中国有句古话，叫十月怀胎，一朝分娩。中医对胎儿发育的认识，也都以十个月为准，逐月叙述胎儿发育的情况，如南北朝时期的《逐月养胎方》就有妊娠一月始胚，二月始膏，三月始胞，四月形体成，五月能动，六月筋骨立，七月毛发生，八月腑腑具，九月谷气入胃，十月诸神备，日满即产矣的记述，用以观察描述胎儿的发育。对此，藏医的认识则更为细致而深入，它是以周日的时间为单位来认识和观察人体胎儿的发育过程的。它认为，胎儿从形成到成熟分娩，需要38周的时间，而这38周具体的发育情况是这样的：
第1周：父精和母血融合，其状正如在牛乳里滴入乳酪酵母，使其得到发育的动力，并且非常融洽；
第2周：胎珠状如乳液凝成的胶状物；
第3周：状如凝结的乳酪或酸奶；
第4周：质地比较坚固的团状物，有的是圆形，有的呈椭圆形，并开始分化出男女的不同性别；
第5周：脐带开始形成，与母体相连；
第6周：与脐带相平衡，形成了一条命脉，使胎儿获得更快发育；
第7周：胎儿的眼睛等感觉器官开始形成；
第8周；胎儿的头部开始形成；
第9周：躯体的上部和下部已经形成；
第10周：胎儿的双肩，两髓胯骨开始形成；
第11周：身体的九窍，即双眼、双耳、鼻、口、阴窍等已经形成；
第12周：心、肝、肺、脾、肾等五脏形成；
第13周：小肠、胆、大肠、胃、膀胱、三木休等六腑已经形成；
第14周：两条上臂、前臂及两条大腿、小腿已经形成；
第15周：胎儿的双手、双肘和双足、双膝已经形成；
第16周：胎儿的十个手指和十个足趾全部形成；
第17周：连结胎儿身体上部、下部及里外的血管、脉络均已形成；
第18周：此时胎儿体内的肌肉和脂肪组织均已出现；
第19周：胎儿体内的韧带、筋膜、肌腱已经出现；
第20周：全身的骨骼和骨骼内所有的骨髓均已形成；
第21周：周身的皮肤开始形成；
第22周：此时身体内的九窍均已开通，开始与外界通流；
第23周：胎儿的头发、指甲、趾甲等出现了；
第24周：上述的五脏六腑的功能已经成熟，胎儿也已经知道疼痛，有所感觉；
第25周：在胎儿体内的脉络中，气已经出现并开始运行；
第26周：胎儿已经开始有意识；
第27周至第30周，是怀孕的第7个月，所有的器官均已成熟，整个胎体也显得圆满；
第31周至第35周，胎儿继续增大，母体与胎儿的精神肉体均互相影响；
第36周：此时胎儿多动，显得对所处的地方很不习惯；
第37周：胎儿似乎显得对所处的地方有反感，不愿再呆在这里；
第38周：胎儿的头部转而朝下，并准备娩出母体了。
从以上所叙述的人体胚胎发育过程来看，藏医对胚胎学的认识，在古代各族医学中，可以说是首屈一指的。尽管以上关于胚胎学的一些描述尚不如现代胚胎学那么精确，但也应看到这样的描述既有其一定的科学性，从历史的观点看，更有其先进性。
就汉族中医学而言，虽然这方面的历史比较早一些，如在马王堆出土的反映汉代以前医学情况的《胎产书》就载有一月名曰留形，二月始膏，三月始脂，四月而水受之，乃始成血，五月而火受之，乃始成气；六月而金受之，乃始成筋；七月而木受之，乃始成骨；八月而土受之，乃始成肤革；九月而石受之，而始成毫毛，十月气陈等记载，但至少不如藏医以周计算的发育情况来得详尽。
就西方的情况而言，公元前5世纪，希腊著名医师希波克拉底认为人体上各个部分、各个器官都能产生各种精液，幼体是各部分精液的凝合而构成的，也就是说，子代的各个部分是由亲代的各个相应部分的精液发育而来的，如子代的眼睛部分是由亲代眼睛所产生的精液形成的，而耳朵也是由其亲代耳朵所产生的精液发育而来等等。这个观点现在看来是极原始的。
公元前4世纪，希腊的阿里斯多德认为胚胎是个整体，不能以部分来解释整体，认为机体内有灵魂存在，机体的发育是由这个灵魂来控制的。后来，西方又出现了所谓先成论，认为人体在刚形成的最简单的胚体里，早已具有亲代的完整的形象，只不过它还很小，胚胎的发育只是早已具有人体一切的小胚胎逐渐增大而已。这种先成论者，有的认为父亲的精子内即已藏有看不见的小人，精子、卵子结合后，这个小人就逐渐增大，发育;也有人认为这个小人是存在于母亲卵子里。总之，他们都认为，胚胎只是在体积上不断增大，其中并没有什么其他变化。
到公元1628年，英国的威廉·哈维（WilliamHarvey）才打破这种先成论的观点，认为人胚是次第发育，由卵而成虫形，而逐渐成为胚胎，最后才发育成为人形的。直到18世纪，俄国的胚胎学家沃耳夫才提出机体逐渐由性细胞发展的，并用科学的观察方法证明人的各部分、各器官都是由简单的细胞逐渐分裂、变化而形成的。这是西方胚胎学的后生论或渐成论的开始。
除上面所述的关于胚胎的一般发育情况以外，早在1000多年前的藏医，对于胎儿如何成长，如何从母体吸收营养，母体与胎儿之间的关系等，就已经有了相当精辟的见解，这在《四部医典》中有明确的叙述。它认为：人胚胎之所以能不断发育，完全
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