整体性是中医思维的最突出特征，是中国传统养生保健文化重整体和谐的系统自然观在中医学中的体现，是中医学对人体疾病诊断、施治的出发点。中医学的整体性思维表现在两大方面，一是把人体的五脏六腑等看作是一个相互联系、制约、作用、影响并相互包含、相互映射的有机系统；二是把人体脏腑病变诊治与地理环境、气候、四时变化等自然因素联系起来进行考虑。对于养生保健，这两大方面可分作如下三点来叙述。
一、人体各脏腑是相互联系的
中医认为，人体是由五脏(心、肝、脾、肺、肾)、六腑(胆、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱)及五官(舌、口、眼、耳、鼻)、九窍(口、双眼、双鼻孔、双耳窍、前后阴—肛门和泌尿生殖道)等构成的一个复杂系统，这个系统中的诸要素有着极其复杂的联系，它们的生理功能及病理变化绝非各自为政，而是相互作用，相互制约，相互影响的。每一要素与其他各因素都存在着联系，因而形成一个复杂交织的立体网络。
现仅以五脏之间的相互联系为例作简单说明。中医认为，五脏分属金、木、水、火、土五行。其间存在相克、相生的关系：五脏之间的相生，即相互资生、助长、促进，从中可以看出，肝生心，心生脾，脾生肺，肺生肾，肾生肝；五行之间的相克即相互克制、制约、抑制，从中可以看出，肝克脾，脾克肾，肾克心，心克肺，肺克肝。
这样，五行各要素之间就存在“生我”，“我生”，“克我”，“我克”这四种基本关系(有人说还有“类我”，因而共五种)。以脾和肺的关系为例，二者分属土和金，土生金，如脾有病，则对肺的资生作用减弱，故有些患脾胃病消化不好的病人，也常易得肺病或其他呼吸道病。
一个耐人寻味的问题是，五脏之间的相克、相生不是单向的，而是双向的，即“克我”者可以“我克”，“生我”者也可以“我生”。肝克脾，脾似乎不能克肝，但肝却可以克肾，而肾又克心，心又克肺，最终肺又克肝。显然“相生”亦然。这正像人们常说的老鼠怕猫，猫怕大象，大象怕老鼠一样。这便是辩证逻辑的魅力，它绝不能用西方形式逻辑的a>b，b>c，所以a>c，这样的定式去理解!
二、人体各要素是可以相互映像的
人体要素的相互映像包括两层意思，一是体表的五官、九窍和形体(筋、脉、皮毛、肉)组织能够映像体内五脏的机能或病变，即“脏藏于内，象见于外”。二是许多形体或五官元素具有“类整体”的结构，是一个个缩小了的人体。
基于第一层意思，中医可借人的体表征候，诊断体内五脏的病患。如“心主身之血脉”，即心的功能可以通过脉象较容易地反映出来，心血强盛，则脉多和缓有力，节律调匀；若心气虚或心血少，则脉象多细弱无力。另有“心开窍于舌”，“舌为心之苗”(心为五行之火)等说法，心气盛、心血足，则舌质红润光泽，活动灵巧，心火旺则舌尖红或糜烂疼痛；又如“肾生骨髓”、“齿为骨之余”、“肾者，其华在发”等理论，说明肾脏功能可通过人的骨骼、腰脊、头发等相对外在的因素来反映。肾气旺盛，精髓充盈，则精神充沛，骨骼健壮，动作有力。肾脏虚亏，则精髓亏耗，骨营养差，往往引起肢体痿弱无力，腰脊酸痛，拖脚不起等。另外，头发稀疏枯黄，早白或脱落往往也是肾脏虚亏的外在表现。
基于第二层意思，中医可对人体疾病进行有效的针灸、按摩施治。人的四肢、手指、脚、面部、耳朵等实际上又是一个个缩小了的人体。即许多人体器官具有“全息性”的结构。不妨观察一下人的耳朵，仿佛一个倒卧在母腹中的婴儿，这个“婴儿”身体各部位与人体有很好的对应关系(即所谓“十二经皆通于耳”，“耳为宗脉之所聚”)。人体脏腑的疾病可以通过对相关穴位的针灸得到治疗，这便是中医的耳针穴位体系。
同样，人的脏腑疾病可以在每一个相关部位有所反映，对相关部位进行针灸或按摩可以医病。以第二掌骨侧为例，从上到下依次分布着头至足的十二个穴位，如果按各相关穴位，某点发生疼痛，则说明有关脏腑有问题。
反过来，如果某脏腑发生病变，按摩或针灸相关穴位即可医治疾病。进一步说，每一个穴位点上又可以详细分出更多穴位，并且根据人体表里相映像原理，对体表穴位的针灸也可医治体内脏腑疾病，如由于“心开窍于舌”，故对有关“舌穴”的针灸、按摩有利于心疾的医治。
三、人与自然不可分
中医不仅把人体各要素看作是密切相关的，而且把人与自然界看作一个有机的整体。“人与天地相应”，“天人合一”等是对这种养生保健观念的扼要概括。
人类生活在大自然中，自然界是人类赖以生存的重要条件，自然条件(气候、地理、植被、气温等)的变化，必然引起人体的反应。如果自然条件的变化超出了人体正常生理调节所能耐受的限度，人与自然的统一关系就遭到破坏，因而发生某些病痛。
《内经》说：“天暑衣厚则腠理(皮肤纹理及皮下肌肉的空隙)开，故汗出……天寒则腠理闭，气湿不行，水下留于膀胱，则为溺与气。”意为，春夏气候较温暖，人体皮肤松弛，血管舒张，气血津液多流向体表，故易出汗，小便少；秋冬气候寒凉，人体皮肤致密，血管收缩，故汗少而小便多。《灵枢》说：“夫百病者，多以旦慧、昼安、夕加、夜甚。……朝则人气始生，病气衰，故旦慧；日中人气长，长则胜邪，故安；夕则人气始衰，邪气始生故加；夜半人气入脏，邪气独居于身，故甚也。”可以看出，中国古代医学非常重视人体及病变的节律探究，并将之与自然界四季变化、白昼更替密切联系起来。
中医还认为，地域环境的变化是影响人体生命活动的另一外在因素，同一种疾病，由于病人所处地域不同，往往会有不同的诱因，例如同是哮喘病，如病人来自北方，就可考虑其气候(寒冷)诱因，如病人来自南方，则无需考虑气候因素，应多考虑其“虚喘”(劳累过度)或“热喘”(中毒)等其他的可能。
中医还注意地域性疾病——“水土病”问题，如《素问·异法方宜论》中，就总结了我国东南西北中五个地域的人民的一般生理病症特点和治疗法则，指出东方之域，鱼盐之地，其民皆黑色疏理，其病为痈疡，其治宜砭石；西方砂石之地，其民华实而质肥，其病生于内，其治宜毒药(指作用强烈的药物，如促排泄的毒药)；北方为闭藏之域，其民野处而乳食，脏寒生满病，其治宜灸法、熨法(一种温热的治疗方法)；南方阳光充足，其民多皮肤致密而色红，病症多痉挛麻痹，其治宜针刺；中央地平多湿，其民食物较杂，其病多痿弱发寒热，其治宜多用按摩气功。
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