沙眼衣原体是出名的性传播致病菌，能引起急性或慢性感染。在男性表现为尿道炎、附睾睾丸炎和直肠炎；女性则表现力宫颈炎、前庭大腺炎、尿道综合征以及盆腔炎症性疾病。
衣原体的发病在规定报告的地方、在那些经常开展普查的高危人群中及有可靠实验室检查的地方较多。在西方工业化国家，这种普查相当普遍。衣原体是最常见的可治愈的性传播疾病。在美国每年报告起码有400万病例，欧洲也起码有300万病例。亚洲的数据不太完整,但也足以证明在男性和女性尿道炎致病菌中,衣原体要比淋球菌更为常见。
发病率数据还未包括许多无症状性衣原体感染。在西方估计有25-30%的男性衣原体尿道炎是无症状或亚临床的，而7O-80%的女性衣原体宫颈炎亦是如此。对这么大量的匿性传染贮源必须予以治疗并且根治，以杜绝感柒在社区中的传播。
女性中隐匿性宫颈炎可以上行到上生殖道而导致并发症。的确，衣原体性内膜和输卵管感染很大部分是
亚临床的。隐匿性输卵管感染据认为是输卵管性不孕症的最常见病因，在北欧和美国已得到有关数据的证实。衣原体在输卵管性不孕症中的作用，可以从先前感染史中得到证实。许多研究表明，在有输卵管疾病的不孕妇女中，血清抗原阳性率最著高于输卵管无损伤的妇女。
虽然在输卵管活检标本中很少分离到衣原体，但衣原体抗原和核酸检查却己证实内膜组织中存在衣原体。在这些培养阴性但抗原阳性的病例中，输卵管慢性炎症不可能是由于先前已经根治的感染所遗留的非复制性抗原所造成的。更有可能的是衣原体以非培养的形态残留于组织中，但仍具有活性并且能诱发免疫病理变化。
衣原体的残留己在不同的细胞培养系中得到证实。沙眼衣原体有独特的生命周期，具有两种截然不同的形态和功能：原体(EB)和网状体(RB)。EB是感染相，攻击宿主细胞并进入细胞内。一旦进入宿主细胞后，就寄居在小泡内，外由通过溶酶体小囊防止溶解的包膜包裹。然后，它转化成具有代谢活性的微粒RB，开始生产蛋白和核酸，并通过二分裂复制。随着反复的复制，核内体扩展成为显微镜下可见的包涵体。在这个通常48-72小时的周期末，RB转化为多个EB，并通过细胞溶解而释放出来，去感染其它细胞并重复一个周期。
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