功能性便秘：
通常有排便上的困难，医师会建议先由饮食上來改善：多吃蔬菜水果，促进大肠的蠕动，加速排便。其次使用软便剂：一般短期使用沒有问题，但是长期使用，某些药物可能会伤害到肠粘膜及肠神经，或造成电解质异常，或反而造成腹泻情形。自幼养成正常排便的习惯，例如每日定時让宝宝坐马桶，即使沒有大便也要让他坐個十來分钟。凉水或鮮奶对某些宝宝是有促进肠蠕动及排便的作用。
肠神经的问题：
如巨肠症，其特性为自幼即有排便困难，腹胀现象。确切的診断需要藉助於特殊的消化道摄影、肠粘膜切片及肠动力学方面的检查。如果确定为巨结肠症，就必須以手术切除有問題的一段腸子。
肛门异常：
肛门的開口位置异常，使得大便出路拐弯抹角的很不順而排便困难，此問題需要看医生來发現，必要时也是要以手术矫正。
肛门裂口：因大便过粗硬，將原本肛門口的黏膜撐裂了，就如同傷口般的反反覆覆，每次排便時會疼痛，久之，宝宝就不愿意解大便了。 因此最好能找医师做詳細的检查，以確定根本原因所在，对症治疗才为上策。
另有少见的便秘原因是甲状腺功能不全。
先天性甲状腺功能不全，又称克汀病或呆小症。患儿除便秘外，还表现为皮肤粗糙，体温低下，少吃懒动；很少啼哭，哭则声如“老鸭叫”；腹胀，面与下肢似肿非肿，面容呆板，舌常外伸。有经验的儿科医生，只要仔细检查多会考虑此病。若上述两病症状尚不明显时，则非做进一步检查不可。此两种病虽说不可不防，但毕竟少见，若经医生排除后，便不必耿耿于怀。但长期便秘者就不能单靠开塞露或食物调节，需要就诊排除可引起便秘的疾病。
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