在不育症精液常规检查中，时常可以见到一些病人的精子有半数以上是畸形的，如圆锥形头、双头、双尾、尾卷曲等，这就叫畸形精子症。精子畸形率的增高，往往间接反映了睾丸生精功能的障碍，也必然影响到精子的活力和受精能力。据统计，当精子畸形率超过２０％时，不育率增加。精子形态异常往往与少精或活力差同时存在，但有时也单独存在。
对精子形态的评价要针对整个精子：即包括头、中段和尾。精子形态大小的正常范围是：
（１）头部：头长３.５－５.０微米，宽２.０－３.０微米；精子头呈规则椭圆形。当精子头长宽分别超过５和３微米时称为大头；分别小于３和２微米时称为小头；对大小判断不明确或形态接近椭圆形都应按正常计数，因为从实际中发现只要精子其他形态参数正常，精子头大小不是重要因素。具有临床意义的精子头部异常包括：圆锥形（长宽分别小于５和２微米，或长超过５微米，宽小于３微米）、不规则形、双头和“梨形”。其中“梨形”头与牛的不育关系密切，而其对人类生育的影响尚无更多介绍，一般计在不规则形或圆锥形名下，若判断不明确仍按正常计算。
（２）中段：中段长５.０－７·０微米，宽１·０微米。宽超过２微米多反映胞浆小滴未完全退化，其对不育的影响尚不明确。如果胞浆小滴大于精子头的一半，意味着精子不成熟，属异常，若小于或等于头的一半应属正常。中段断裂也属异常。
（３）尾部：尾长４５微米。尾部异常的意义尚不清楚，常见为断裂、双尾或卷曲（不包括弯曲或不对称附着）。卷曲可能与锌元素含量有关。其他缺陷可能与无症状生殖系统感染有关，因此，如果存在这一表现应作精液细菌学检查。
一个精子可能有多种缺陷，可以按其主要缺陷统计。如果笼统说“正常精液应有６０％以上的正常形态的精子”是不合适的，因为精子形态有正常变异范围，而且不同的变异或畸形对生育的作用和影响也不同。精子形态判断时应包括以下内容（仅供参考）。
＞６０％的正常椭圆形精子头（包括半数左右的可疑者），若＜３０％不正常；
＜６％的圆锥形精子头，若超过１０％的不正常；
＜８·６％的不规则精子头，若超过５０％不正常；
＜０·５％的不成熟精子，增多意味着精子生成或精子成熟过程出现障碍；
＜２０％中段缺陷，若超过２５％不正常；
＜２０％尾部畸形，若超过２５％不正常。
如果形态异常的精子超过７０％，特别是妻子有习惯性流产时，就应该考虑进行染色体核型检查，男方很可能具有染色体异常，需要排除这种可能性。如果异常精子少于７０％，那么，也许是精索静脉曲张、职业或环境接触毒物、放射线、微波、服用药物、感染及应激等因素影响了睾丸生精过程。应该分析和寻找这些具有毒性作用的因素，如果存在这些因素，则应对症治疗或尽量改变这种状况，去除不利影响。至于附性腺感染时，精子形态在光学显微镜下多无特殊改变。有人研究过前列腺炎患者后发现，已有子女而因性功能问题来就诊者的精子形态正常，因不育来就诊者的精子形态与其他无炎症者也无显著区别。
精子形态异常时，因为头过大或其他形态异常不利于穿透宫颈粘液所形成的微小通道。宫颈粘液中常可见到头特别小的精子，多数因为无顶体存在。
如果畸形精子症找不出任何明确原因时，可以诊断为特发性畸形精子症，它实质上是一种原因不明的睾丸生精障碍。可以采用五子衍宗丸并随症加减的中医药治疗方法促进生精作用。
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