肾结石的症状取决于结石的大小，引起梗阻的程度和有无继发感染。在肾孟中不活的结石而又无感染时，可长期无症状，甚至结石已引起肾功能不足时还无自觉症状，只在摄腹部X线照片时偶然发现。但大多数患者有症状。
疼痛和血尿是肾结石的主要症状。约75%肾结石患者有腰痛。结石较大，在肾盂中移动度较小时，疼痛多为钝痛，有时是隐痛。结石小，在肾盂内移动度大时。容易引起肾盂输尿管联接部的梗阻而出现肾绞痛。肾绞痛是一种突然发生的严重疼痛，从腰部开始，沿输尿管向下放射至膀胱。痛呈阵发性，一般持续数分钟，亦可长达数小时，并有恶心呕吐，有时病人面色苍白，大汗淋漓，呈虚脱状态。
血尿是第二个重要症状，疼痛和血尿相继出现是肾和输尿管结石的特点；尤其是体力活动较多时，如劳动、运动、骑马和乘车时突然发生疼痛和血尿。但血尿一般较轻，有时肉眼不能看出，但几乎每个病例都能在显微镜下见到从少数到多数红细胞，因此尿的显微镜检查很重要。
一部分患者在临床上并无结石病的典型疼痛及血尿，而因泌尿系感染 target=_blank>泌尿系感染的症状就医。在这一类患者中如不追究引起感染的原发病因，不做泌尿系平片及静脉泌尿系X线造影检查，就容易忽略结石的存在。
肾结石患者偶有排出结石或小砂粒的病史，这就有助于诊断。双侧肾结石引起梗阻或患者唯一的肾(例如另一肾已切除)发生梗阻，可出现急性无尿。有时由于肾一肾反射，一例肾结石可引起对侧腰痛。单侧肾结石梗阻也可以引起急性无尿。
肾结石如不因梗阻引起肾积水或发生继发感染时，体格检查可能出现肾区叩击痛亦可无异常所见。
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