目前治疗乙肝的一个错误倾向是一味追求乙肝病毒指标的转阴，费了千辛万苦换回的病毒指标转阴，未必是好事。相反，临床上常可见到一些患者，经过长期治疗，乙肝“大三阳”终于转为“小三阳”，然而这种转变往往导致病情恶化。
过去一直认为，乙肝“大三阳”转为“小三阳”是病情趋向缓解乃至自然痊愈的标志。现在发现，这种转变约半数的患者肝损害仍存在并持续发展，这是由于乙肝病毒前－C／C区发生变异所致，最常见的突变形式为1898位或伴有1901位突变，变异后可能使得乙肝病毒变异株逃脱宿主免疫监视，而得以继续生存繁衍并可酿成严重后果。目前的乙肝病毒指标都是通过抽血化验所得，只能反映血液中病毒被清除或抑制的程度，并不能完全代表或反映出肝脏内部的实际情况。通过血液检查，反映的情况可能是假象，抽血化验只是从一个侧面了解肝脏情况，结果的真实性和可靠性远远不及肝组织学检查获得的第一手资料。尤其是部分患者，经过治疗，不但“大三阳”转为“小三阳”，接着乙肝病毒表面抗原也转阴，这应该是医生和患者梦寐以求的理想结果。但是，患者的病情非但没有好转，反而出现了恶化，不少肝硬化晚期患者，甚至于部分肝癌患者，化验检查发现乙肝病毒表面抗原、e抗原都是阴性，只有核心抗体为阳性，这些患者去世后进行的尸检，肝组织中依然发现了复制状态的乙肝病毒DNA。可见通过抽血检查乙肝病毒指标并不完全可靠。
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