首先，干扰素治疗开始阶段多有发热、肌肉痛等类感冒样症状，可给扑热息痛、消炎痛等解热镇痛剂对症处理，也可晚上注射，大部分病人症状可逐渐减轻，并不影响治疗。
有些病人还会出现外周血白细胞和血小板一过性降低，停药后可自行恢复。这些副作用一般多可耐受，停药后即可消失，少有被迫停药而中断治疗者。多年来临床应用表明，α-干扰素是一种比较安全的生物制剂，无明显和永久的毒副作用。
此外，α-干扰素治疗过程中，对干扰素有应答的病人常出现ALT升高，这是预后较好的一种反应。但ALT升高过程中应定期观察ALT的升高程度和有无出现黄疸，若出现黄疸说明炎症反应过于激烈，肝细胞破坏较严重，这时应停用干扰素，待黄疸消退后再继续用药。
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