(1)功能性消化不良。这是指有消化不良症状而无溃疡或其他器质性疾病，如慢性胃炎、十二指肠炎或胆道疾病者。患者常伴有焦虑、失眠、神经紧张、忧郁等，可因精神因素诱发或加重，经内科抗溃疡治疗有效，服用胃肠动力药可明显缓解。本症在青年女性中颇为常见，老年人并非少见，应注意相鉴别。
    (2)胃癌。胃良性溃疡与恶性溃疡(胃癌)相鉴别有时比较困难。一些溃疡型胃癌在早期，其形态和临床表现与良性胃溃疡颇为相似，甚至经抗溃疡治疗后可暂时愈合，给早期诊断造成困难。良性与恶性胃溃疡的鉴别主要依据X线、内镜及病理检查，因此，对于所有老年胃溃疡患者都应行胃镜检查，并在溃疡边缘多处取些活检组织，以确定溃疡的性质。
    (3)慢性胃炎。本病可有类似消化性溃疡的症状而易与其混淆。胃液分析如发现胃酸缺乏，则可排除消化性溃疡，本病发病率较高，胃镜检查是两者鉴别的最主要方法。
(4)慢性十二指肠炎。至今尚未能肯定本病是否可发展为十二指肠溃疡。两者的临床表现和X线征象颇为相似，其鉴别诊断主要依靠十二指肠内镜检查。
    (5)胃下垂。本病可同时伴有肾、肝等内脏下垂，并可出现消化不良症状。其所有症状在直立时加重，平卧时减轻。X线钡餐检查无溃疡的X线征象，而显示胃小弯最低点在髂嵴水平以下是诊断本病的依据。
    (6)慢性胆道疾病。胆道运动功能障碍可引起发作性痉挛性右上腹痛，疼痛多发生在饱餐后，应用碱性药物不能缓解。如仔细询问病史，结合X线胆囊造影、B超、肝胆闪烁γ照相等检查，可明确诊断。