食管溃疡一般是单发的，也可以是多发的。有时食管溃疡与食管癌在胃镜下较难区别，尤其是早期食管癌与食管良性溃疡有时很难用肉眼区分，所以一般发现食管溃疡都应取活检，特别是年龄在45岁以上的病人、伴有不明原因的发热、消瘦及进行性的吞咽困难等症状时，更应争取做活组织检查，以免漏诊或误诊。
活检时应注意的问题有：①由于食管壁较薄，仅由粘膜层、疏松的粘膜下层与肌层组成，缺乏浆膜层，取活检时应注意不要在溃疡中心部位取，以免造成穿孔。②食管下端的血管较丰富，尤其是在有门静脉高压的病人，如误伤血管，容易出血，甚至会引起大出血，故取活检时应避开血管。③活检时不要只取一个点，一般要在溃疡周边病变与正常组织的交界处1、3、5、7、9、11点处分别取材，可提高诊断的阳性率。溃疡中心部位一方面容易穿孔，另外即使取了活检，大多数也都是坏死组织，故一般不取。④如果已经明确溃疡为腐蚀性物质或机械性损伤所引起，活检当属禁忌。因为此时活检不但没有意义，反而易诱发穿孔。⑤由胃泌素瘤引起的食管大面积溃疡，取活检后的部位由于胃酸的强烈刺激，极易引起穿孔，故应特别小心。
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