1.抗生素全身应用：诊断一旦确立，应立即应用有效的抗生素，使眼内特别是玻璃体脉络膜和视网膜达到应有的治疗浓度，并且采用两种以上抗生素，联合应用，能提高抗炎效果。常用药物有：青霉素、新青霉素Ⅱ、先峰霉素静脉滴注或肌肉注射。庆大霉素，肌肉注射或静脉滴注，每日1～2次。羧苄青霉素10～15g溶于300ml生理盐水中，每日1次静脉滴注。二性霉素B对霉菌性眼内炎可作首选药物。 2.激素治疗：应用目的是减少炎症渗出及肉芽组织的形成。但其缺点可以削减抗生素的抑菌作用，还能降低抗生素穿透眼组织的能力。
3.玻璃体内注射抗生素：常用抗生素有：先峰霉素Ⅱ0.25mg或庆大霉素200u玻璃体注射。庆大霉素200u，加氟美松0.4mg；庆大霉素100u，加先锋霉素Ⅱ0.25mg。二性霉素B0.01mg等玻璃体内注射。
4.抗生素及激素局部点眼或结膜下注射。
5.手术治疗：前房有大量渗出物时可行前房冲洗并注入抗生素。眼内炎应迟早进行进行玻璃体切除，并联合抗生素和激素进行玻璃体切除，并联合抗生素和激素进行玻璃体注射，若炎症不能控制，且视力丧失时，可行眼内容摘除术。