治疗必须从速。溃疡阶段，真菌高度生长繁殖，应首选对真菌敏感的药物。由于真菌常潜伏于角膜组织内，十分顽固，要求药物与溃疡面保持连续性的接触，使药物在深部组织达到足够浓度，才能消灭或抑制真菌的活动。到目前为止，用来治疗真菌性角膜溃疡的药物尚不够理想。对于药物治疗无效的病例，尚须进行手术。 常用的抗真菌药物有以下几种。
1.两性霉素B（amphotericin B）是目前国内外常用的抗真菌药物。近年来上海等地已有国产供应。配制眼药水浓度为0.2%，眼膏为1%。我院治疗40余例，治愈率为50～60%。
2.汞剂 0.1%柳硫汞（merthiotate,thimerosal）或0.01%硝基本苯汞（phenyl mercuric nitrate）有一定效果。我院治疗过20例早期轻型病例，治愈率为70%左右。
3.大蒜（allium salivum） 对真菌亦有一定疗效。我们用0.1%眼药水，治疗数例，获得治愈，但对眼部刺激性大，患者往往不愿接受治疗。
其它药物尚有30%磺胺醋酰钠药水（sulfacetamide），1～2%碘化钾药水（potarsimu iodide）、50，000单位/毫升制霉菌素药水（mystatin,mycostatin）。
近年来，报导了一些新的抗真菌药物。如曲古霉素（tricomycin）、匹马霉素（pimaricin）、克霉唑（clotrimazole）等等，但由于致病菌种和治疗方法的不同，对以上药物临床效果的评价颇不一致。
1973年春中国科学院上海药物研究所发现了一种新的抗真菌抗生素，定名为金褐霉素（aureofuscin）。经体外试验及动脉实验证明，具有广谱抗真菌作用。配制眼药水浓度为0.1%，每半小时一次；眼膏浓度为1%，每2小时一次。经我院长期临床试用，治疗300余例，治愈率为75～80%，有效率可达90%以上，为目前比较有效的抗真菌药物，可能推广使用。
本病常伴有严重的虹膜炎反应，必须用阿托品充分扩大瞳孔。皮质激素类药物对溃疡有扩散作用，无论局部与全身皆不宜使用。
溃疡穿孔或后弹力层膨出病例，结膜囊置入金褐毒素眼膏或二性霉素B眼膏后，应用绷带加压包扎，以促进溃疡愈合。
药物治疗失败的病例，可进行结膜瓣遮盖术或穿透角膜移植术。在角膜穿透性移植时，溃疡及其临近的不健康组织必须全部清除，如果留有感染的角膜，反而可使炎症加速扩展。