㈠内科治疗
1.抗阿米巴治疗 选用组织内杀阿米巴药为主，辅以肠内杀阿米巴药以根治（见“阿米巴肠病”）。目前大多首选甲硝唑，剂量1.2g/天，疗程10～30天，治愈率90%以上。无并发症者服药后72小时内肝痛、发热等临床情况明显改善，体温于6～9天内消退，肝肿大、压痛、白细胞增多等在治疗后2周左右恢复，脓腔吸收则迟至4个月左右。第二代硝基咪唑类药物的抗虫活力、药代动力学特点与甲硝唑相同，但半衰期长得脓肿疗效优于阿米巴肠病。东南亚地区采用短程（1～3天）治疗，并可取代甲湖唑。少数单硝唑疗效不佳者可换用氯喹或依米丁，但应注意前者有较高的复发率，后者有较多心血管和胃肠道反应。治疗后期常规加用一疗程肠内抗阿米巴药，以根除复方之可能。 2.肝穿刺引流 早期选用有效药物治疗，不少肝脓肿已无穿刺的必要。对恰当的药物治疗5～7天、临床情况无明显改善，或肝局部隆起显著、压痛明显，有穿破危险者采用穿刺引流。穿刺最好于抗阿米巴药物治疗2～4天后进行。穿刺部位多选右前腋线第8或第9肋间，或右中腑线上第九或十肋间或肝区隆起、压痛最明显处，最好在超声波探查定位下进行。穿刺次数视病情需要而寂静，每次穿刺应尽量将脓液抽净，脓液量在200ml以上者常需在3～5天后重复抽吸。脓腔大者经抽吸可加速康复。近年出现的介入性治疗，经导针引导作持续闭合引流，可免去反复穿刺、继发性感染之缺点，有条件者采用。
3.抗生素治疗 有混合感染时，视细菌种类选用适当的抗生素全身应用。
㈡外科治疗 紧锣密鼓肝脓肿需手术引流者一般＜5%。其适应证为①抗阿米巴药物治疗及穿刺引流失败者；②脓肿位置特殊，贴近肝门、大血管或位置过深（＞8cm），穿刺易伤及邻近器官者；③脓肿穿破入腹腔或邻近内脏而引流不畅者；④脓肿中有继发细菌感染，药物治疗不能控制者；⑤多发性脓肿，使穿刺引流困难或失败者；⑥左叶肝脓肿易向心包穿破，穿刺易污染腹腔，也应考虑手术。
肝脓肿的治愈标准尚不一致，一般以症状及体征消失为临床治愈，肝脓肿的充盈缺损大多在6个月内完全吸收，而10%可持续导演至一年。少数病灶较大者可残留肝囊肿。血沉也可作为参考指标。