一、阴蒂疼痛
阴蒂纤小而娇嫩，平时多有阴蒂包皮遮盖，其附近无润滑液分泌，所以触摸的手法不当造成疼痛并不奇怪；在性高潮之际或之后阴蒂头将像阴茎龟头那样变得过分敏感，再触摸它无疑会引起疼痛，上述两种情况均属于正常的生理现象，并非病理性改变。这里所要讨论的是病理性阴蒂疼痛。
感染引起的阴蒂疼痛最常见，如生殖器疱疹波及阴蒂附近时即可致痛；外阴阴道炎也是常见的导致阴蒂疼痛的病因如淋菌性阴道炎、霉菌性阴道炎、滴虫性阴道炎等涉及整个外阴时往往造成阴蒂疼痛。其他如前庭大腺脓肿、尖锐湿疣等均可反射性或连带性引起性交时或抚摸时的阴蒂疼痛。
各种局部刺激是造成阴蒂疼痛的另一重要原因，如糖尿病常可引起外阴搔痒，奇痒难忍，最后常伴有霉菌、滴虫及其他继发感染而使疼痛加重。其他全身性疾病如黄疽、白血病、贫血等也可伴有外阴搔痒，仔细问诊和检查，不难发现原发疾病。股癣、疥疮、阴虱病、寄生虫卵等也是外阴搔痒的常见原因。常穿尼龙化纤内裤或牛仔健美裤的女性往往紧裹臀裆，造成透气性极差，并导致外阴的理化因素的过度刺激造成外阴搔痒。洗涤过度或过量使用香水等化妆品也是不良刺激，均可最终引起阴蒂疼痛。
神经炎有时也可影响到阴蒂，最常见于糖尿病所致的神经炎。使用小剂量酚噻嗪可能使症状得到一定程度的缓解。 如果女性不习惯于清洗外阴，特别是不清洗阴蒂及其包皮的话，包皮内可积有阴蒂垢或小结石，就像砂子迷眼一样造成性交时的异样疼痛感，伴发阴蒂垢、阴蒂炎时，阴蒂充血水肿并突起，直接影响性生活的进行，这时病人应保持外阴的经常清洁，防止积垢的形成。如果因感染而形成阴蒂包皮的粘连时，将会造成长期持续的疼痛。
二、阴蒂包皮过长
有些妇女的阴蒂包皮过长以致把阴蒂头完全遮盖起来了，包皮上还布满皱褶；有的妇女包皮很短，其上很少有皱褶。当包皮过长时女性在性活动中得不到充分的性刺激，从而易致性欲低下或性高潮障碍或两者兼具。
国外针对女性阴蒂包皮过长的问题开展了阴蒂包皮环切术，使平时不见天日的阴蒂暴露出来，这种手术在国外曾引起医务界和社会各界的广泛关注，据信可以给包皮过长的无高潮妇女带来奇迹般的效果。其具体方法是分离包紧阴蒂头的过长的包皮，或用钝而短粗的探针将包膜刺破，这样就不必再行环切术了。但其远期临床效果如何尚待探讨，而且它仅适于包皮过长者，对于非包皮过长的无高潮妇女则无意义。
三、阴蒂肿瘤
阴蒂和阴蒂包皮均可出现外阴癌，其病因不明，但多伴有先驱病症如白斑、尖锐湿疣、外阴搔痒、慢性炎症等。癌症也可由其他原发部位转移而来。早期可见小硬块，可自行溃破或抓破，溃疡形成后常有出血与感染，伴有疼痛，唯其发病率并不高。
阴蒂肥大多与雄激素含量过高有关，一般不需处理，停药或治疗原发病症后可缓解，通常不会造成疼痛或不适，仅其外观略受影响而已。
四、阴蒂不敏感或超敏感
有些妇女的阴蒂极不敏感，对刺激缺乏应有的反应，多国神经受损所致，如糖尿病、多发性硬化、酒精中毒、维生素缺乏、外伤等造成神经损伤和麻痹，也有的是长期依赖振荡器造成刺激阈值的过度增高，丧失了性敏感度，还有些是心理因素所致。可以劝说病人寻找其他性敏感点和新的刺激方式。有些妇女的阴蒂特别敏感，拒绝任何触摸和接触，那就需要采取系统脱敏疗法来突破这一心理障碍。
五、阴蒂变形或错位
由于外伤阴蒂可以断裂、变形或错位，它显然可以影响到阴蒂的感觉和感受，但它又不像阴茎损伤会使男子性功能受到破坏那么严重。外伤多因跌坐在硬物上所致。